Reformáció
Hogy mindezek után Csáky Mihály a korábban wittenbergi peregrinus Koppány Orbán protestáns lelkészt – a későbbiekben nagyenyedi esperest – lelkészként alkalmazta birtokán, már nem is meglepő. Martinuzzi ingerültségét jelezte, hogy a gyulafehérvári főesperesi tisztség utolsó viselőjét Batthyány Orbánt királyi kincstárnok sírját, amiután azt 1548-ban a székesegyházban temették el, feltörette, és lutheránus eretnekség vádja ürügyén az oszlásnak indult hullát a szemétdomra dobatta. Ő az, akiről allíthatjuk, hogy az utolsó katolikus gyulafehérvári főesperes, akit valószínűleg protestáns opciója kompromitálhatott. Káptalanbeli társa, Boldi Károlyi Sebestyén kanonok 1543-ban lett a kálvinizmus híve. A későbbiekben Boldi erdődi lelkipásztor és nagybányai espereses lett. Visszatérve Gyulafehérvár környékére szászvárosi lelkészséget vállalt és egyben a Hunyadi Református Egyházmegye esperesi tisztségét viselte.
Az 1556-ban, Szászsebesen, majd Kolozsváron tartott Országgyűlés döntése értelmében a püspöki, papi, a káptalani és kolozsmonostori Konvent javai országjövedelmi javakká (kincstári, fiskális tulajdonná) és ennek következtében csak az állam által elidegeníthető örökséggé lettek. A hirtelen kincstári javakká változott, egykori katolikus egyházi tulajdonok Gyulafehérvár körüli birtokrészei gyakran kerültek át, új adományozással, az akkor kialakulóban levő protestáns közösségek tulajdonába. A katolikus püspök kiutasítása és a Boroskrakkóban élő Csáky Mihály kancellár protestantízmusa erősítette a reformáció Hegyaljai terjedését. Ez magyarázza az egykori katolikus központ körüli magyar települések egyházi strukturáinak megszilárdulását. A Gyulafehérvári Református Egyházmegye legerősebb közösségei, többé-kevésbé Erdély-Hegyaljához tartoznak (Boroskrakkó, Borosbocsárd, Sárd, Magyarigen, Borosbenedek, Vajasd, Marosszentimre, Tövis, Alvinc) ezek a középkor óta a Gyulafehérvár körüli magyarság legfőbb egyházi és demográfiai támaszpontjait jelentették. Ebből a demográfiai készletből „táplálkozott” a fejedelmi adminisztráció alsóbb − közép szintje is. Erdély-Hegyalja protestáns közösségeinek sorát, egészítették ki a magyar-német-román lakosságú Székás (Székes) völgyi települések (Vingárd, Kisenyed, Konca, Pókafalva, Drassó) és az érchegységi bányavárosok (Zalatna, Abrudbánya, Korna, Verespatak).
A környéken a reformáció terjedése is jellegzetes körülmények között zajlott le. A hegyaljai magyarok között, vagy azok mellett élő szász közösségek természetes asszimilációját felgyorsította, majd lezárta a reformáció (Magyarigen, Alvinc, Sárd, Boroskrakkó, Borberek és Vingárd példája). Ennek legfőbb oka az volt, hogy a Szász Universitas és Erdély-Hegyalja között ott volt – mintegy etnikai válaszfalként – a magyar többségű Gyulafehérvár. A hegyaljai települések így, le lettek választva a szász telepesek összefüggő területeitől. Egyházi és politikai viszonyulásuk emiatt többnyire a Püspökséghez és vajdai udvarhoz köthető, amelyben nem ismerhető fel a középkorban még tapasztalt magyarigeni és boroskrakkói szász etnikai szolidaritás. Valójában a hegyaljai települések gyors asszimilációs folyamatoknak kitett közösségek voltak. Tipikus példája ennek az asszimilációs folyamatnak Alvinc, amely a szászsebesi Dékánátus vonzáskörzetéből épp etnikai asszimilációja miatt kerül át a Gyulafehérvári Magyar Református Esperesség hatáskörébe. Maga Bod Péter említette a Szmirnai szent Polikárpusz (Enyed, 1766) művében: „Régen Alvincz és Borberek tartoztanak a Szászsebesi Kapitulumhoz, de a Gemmeus Máté Alvinczii Pap kérésére Ifjú János, aki ezeket a városokat a várral együtt bírta, a Fejedelem előtt nagy tekintetű ember volt s valami atyafiság is […] a Fejedelem Báthory Zsigmond engedélyéből elszakasztotta a Kapitulumtól […] ezek az Ekklésiák magyarok lévén […] tellyeséggel az adózás alól kivonták magokat, azt állatván: hogy azzal a Szászok tartoznak csak, ők peniglen magyarok.” Másrészt, a német reformációhoz való még fellelhető etnikai ragaszkodást sugallja az a peregrinációs mozgalom, amely a wittenbergi teológiai irányt, Philipp Melanchton (1497-1560) hatására inkább a helvét protestantizmus javára kamatoztatta. Jelzésértékű, hogy Gemmeus Máté – volt wittenbergi peregrinus –, alvinci lelkész és első református esperes az, akinek reformáló tevékenysége Gyulafehérvár környékén sikerrel járt.
Gemmeus tevékenységében az Egyházmegye első esperesét ismerhetjük fel. Wittenbergi peregrinációja alatt az egyetemi cötus magyar tagjaként jelét adta a helvét protestantizmus korai felkarolásának. Az, hogy Gemmeus Máté a svájci protestantizmus híve lett igazolja Théodore de Béze, Ad acta Colloquii Montisbelgardensis, Tubingae Edita, Theodori Bezae responsionis pars altera (Editio prima, Genevae, Excudebat Ioannes le Preux, 1588) műve, amely az egykori szebeni Német Gimnázium birtokában volt. Ennek possesorbejegyzései között elsőként ezt olvashatjuk: „Reverendissimo ac clarissimo viro D.D. Matthaeo Gemmaro Pastori in Alluind [Alvinc] et Seniori Ecclesiarum capituli Albensis fidelissimo D[….]erga eius benevolentia gratitudinisque dabat Alba Iulia Nicol. T. Debrecinus […] Rector Scholii Albens. Anno Deo 1589, 22 dii Iulii.” A reformációban vállalt vezető (seniori, esperesi) tisztség és reformátori szerep igazolásának vitathatatlan jele, hogy 1589. július 10-én a katolikus Báthory Zsigmond (1572-1613) fejedelem jóváhagyta a gyulafehérvári Tövis utcában azt az ingatlanadományt, amelyet az alvinci Gemmeus Máté esperes 100 forintért birtokba is vehetett: „a nevezett pap hűséges szolgálataiért, melyeket néhány évvel azelőtt a [gyula]fehérvári egyházban Isten igéjét hírdetve tanusított (in miniterio huius ecclesae Albanae rite pureque verbum Dei docendo exhibuit), neki és általa unokatestvérének Geongieos-i Zekely Pál fiának: Gergelynek adományozza örök jogon a házban […] levő királyi jogát.” A gyámsága alól alig szabadult Báthory, az egykori katolikus püspökség, liber báróságként kezelt kincstári javait, a reformációban kiérdemelt elismerésért, de katolikus fejedelemként adományozta, az azt megilletőnek.