Reformáció
A vallásváltoztatások folytán valóságos református tengely alakul ki a Déva – Alvinc – Gyulafehérvár – Nagyenyed útvonalon, amelynek útvonalán kialakulhattak a későbbi református egyházmegyék: a Hunyadi, Gyulafehérvári és Nagyenyedi. Csáky Mihály egykori kanonok közvetítésével Koppány Orbán lelkész nagyenyedi esperes lett, Károlyi Boldi Sebestyén egykori kanonok – hunyadi református esperesi tisztséget vállalt, míg a protestantízmussal vádolt Batthyány Orbán kanonok – gyulafehérvári főesperes helyett – az egykori wittenbergi peregrinus Gemmeus Máté vállalta az esperesi szerepkört.
Ahhoz, hogy megértsük a protestáns papi fraternitásokból kinövő egyházi adminisztrációt, meg kell ismernünk a középkori esperesi kerületet. A középkori esperesi kerületek, archidiaconatusi, és vicearchidiaconatusi (dékánátusi a szászoknál) papi fraternitásainak fontos szerepe volt a reformáció terjedésében-terjesztésében, de az újhitű esperességek létrehozásában is. Míg a katolikus archidiakónusi tisztség inkább jövedelmet és megtisztelő rangot jelentett, addig a püspök által a főesperesre átruházott jogkört (vizitációt, bíráskodást, papjelöltek vizsgálatát, „dimissionális” levél kézbesítését, vagyonkezelést, ordinációt) a vice-archidiakónus örökölte. A vicearchidiakonátusok papi fraternitásai voltak tehát azok, ahol rendszeresen gyűlésszerűen napirendre kerültek a legégetőbb egyházi gondok és ezek gyakorlati megoldásai. Ezekből a fraternitásokból választották ki az arra érdemes dékánt − esperest − seniort, aki felszentelte a lelkészeket, ahogy ezt 1544-ben a váradi Káptalan archidiakónátusi papsága esetében történt. A fraternitások már nem csak lelkészjelölteket vizsgáltak tehát, hanem átvették a püspöki jogkört, az ordinációt is. A protestáns esperességek és esperesi tisztségek kialakulását az 1556 utáni katolikus püspöki-egyházi javak szekularizációja utánra tehetjük, amikor a fejedelem a javak mellett az egyházi hatalmat is (potestas ecclesiastica) gyakorolhatta.
A püspök esetenként átszármaztatta jogkörét azokra az egyházi vezetőkre − esperesekre, akik az ordinációt és vizitációt is végezhették. A protestáns esperesi kerületek létrehozása vezetett a későbbiekben a zsinat, majd a szuperintendensi hatáskör kialakulásához is. Ezt igazolta Bod Péter is, aki így írt erről: „Az Ekklésiákat igazgatják vala az Esperestek, akik Dékánoknak, vagy régi nevezetek szerint archidiakonusoknak hivattattak, mind a magyaroknál s mind a szászoknál. Az elsők azok között kezdettek mondatni Superintendensnek.” A reformáció első korszakában a változások inkább hitbeli és liturgikus újulást jelentettek, nem annyira területi szervezkedést. A katolikus javak szekularizációjáig (1556-ig) még a régi adminisztratív kötöttségek létéről beszélt az, hogy a már lutheránussá vált lelkészek, még a katolikus Püspökséghez való tartozásukról tettek hűségnyilatkozatot. A katolikus püspök kényszerű távolléte indította be azt a bomlási, majd újraszervezési folyamatot, amelynek során az újjáalakuló esperességek és a superintendentia (püspökség) protestáns színezetet kapott. Ennek területi-adminisztratív megvalósítását azok a gyakorlati szükségek kérték, amelyeket az archidiakónusi, majd vicearchidiakónusi tisztségnél már felsoroltunk.
A fegyelmezési hatáskörre utalva már az 1554-ben tartott óvári zsinat 9. pontja is arról beszélt, hogy a lelkészi közösség élére szuperintendenseket és espereseket (elöljáró prelátusokat) kell állítani, akik tanbeli, fegyelmi és liturgikai rend főlőtt kell őrködjenek. A magyar superintendentia, mint intézmény létét az 1555-ben tartott széki zsinattól számíthatjuk. A püspökség vizitációs jogainak kodifikálását a dévai püspök-lelkész Tordai S. András (†1579) az 1577-ben tartott tordai Országgyűlésen vehette tudomásul, ezzel is egyensúlyozva a jezsuiták tevékenysége által erőre kapó katolikus visszarendezési törekvéseket. Az esperesi tisztség egyik legfőbb feladata a fegyelmezés volt, amelynek fóruma és formája a vizitáció intézményében érvényesült. A részletes lelki-tanbeli vizsgálódás mellett egyik fontos vizitációs elemként az anyagi ellenőrzés-számonkérés is fontos püspöki feladat lett. Ennek érdekében az 1643-ban tartott református zsinaton a háromszéki egyházak kérésére, pontokban fejtették ki a felvetett adminisztratív kérdésekre. Ezek között a 6. pontban megállapítást nyert, hogy: „A templomhoz való erdők, bónumok az Esperestek kezek alatt voltak eddig is, ezútán is azoknak gondviselések alatt kell maradni.” A püspök után az esperesség legfőbb képviselője az esperes lett, akit a lelkészi közösség választott, de a püspök erősített meg. Jogköréhez tartozott az egyházmegye hivatalos iratainak őrzése is. A nagyenyedi, később magyarigeni püspök, Tasnádi Ruber Mihály (1605-1618), a – Canones Ruberiani (1605) jogi vázára építve – a Geleji Kánonok (1649) tovább pontosították a püspök, esperes, lelkészek és egyházmegye feladatait. Az esperesi tisztségre olyan lelkészt kellett választani, aki képzettség, hit, tapasztalat, bölcsesség dolgában kiemelkedett mindnyájuk közül, és akinek személyével szemben a püspöknek nem volt kifogása (nec improbante Episcopo). Fő feladata saját Egyházmegyéjét kormányozni, és nem avatkozhatott be a szomszédos egyházmegyék életébe. A lelkészek munkája fölött éberen kellett őrködnie, anélkül, hogy tevékenységükbe zsarnoki módon beleszóljon. Az esperesi hatáskör azonban jelentős változáson ment át. Az 1599-ben tartott marosvásárhelyi zsinaton a püspökválasztás alkalmával az esperesek hatalma, például lelkész-elhelyezési (collokálási joga) feladata hangsúlyosan meg lett erősítve. Ugyanakkor a püspök tisztség feladatait limitatív – reduktív meghagyásokkal szorították meg. Később, 1649-ben (a Geleji Kánonokban) már a püspöki abszolutizmus az, amely saját hatáskörét nyomatékosította, és az esperesek túlzott hatalmát zárolta (territoriális elv meghatározása, püspöki placet szükségessége stb.). Ezzel az erdélyi protestáns egyházszervezet fejlődése részben hierarchikussá vált, és struktúrája reprezentatív tisztségekre épült. A tisztségfejlődésnek azonban előfeltétele volt a területi delimitáció is.
A Gyulafehérvári Református Egyházmegye kialakulását annak tulajdonítjuk, hogy a Sepsi archidiakónátusi districtus, és Gyulafehérvár közé beékelődtek azok a szász dékánátusok (szászsebesi, szebeni), amelyek később a lutheránus superintendentiában egyesültek. Ezzel a magyar Sepsi archidiakónátusi districtus kapcsolata megszakadt az egykori Katolikus Gyulafehérvári Főesperességgel. Ez utóbbinak fehérvári kerületéből (Gyulafehérvár, Szászsebes, Spring) szakadt ki a szászsebesi német Dékánátus (esperesség), amelynek teológiai és etnikai alapon való továbbosztódása az alvinci Gemmeus Máté lelkész tevékenységéhez köthető. A Gyulafehérvári Református Esperesség megalakításának első momentuma tehát Gemmeus Máté (1571-1590) alvinci lelkész lépésében keresendő, aki leszakította Alvincet és Borbereket a szászsebesi szász Dékánátusról (Káptalantól), és egyúttal felvette a protestáns esperesi-seniori tisztséget is. Korábban is jelzett könyvbejegyzés szerint „Pastori in Alliund et Seniori Ecclesiarum capituli Albensis” titulust viselt. Ezzel a – vallási mellett – engedett a megváltozott alvinci etnikai szükségszerűségnek is.