XVII. század

A XVII. században a kezdeti politikai nehézségeket Erdély gazdasági felemelkedése követte. Ennek a fejlődésnek az akkorra már protestáns Erdély − Hegyalja is részese volt. A XVII. századelő által termelt politikai-egyházi instabilitást főleg a Báthory Zsigmond, Giorgio Basta és Mihály Vitéz által fémjelzett korszak jelentette. Báthory Zsigmond visszatérése (1598. aug. 29-én) után a goroszlói csata (1601. aug. 3-án) végképp eldöntötte, hogy az Erdély fölötti uralom ideiglenesen a Habsburgok kezébe került. Báthory András legyőzése után Vitéz Mihály vajda havasalföldi vajda erdélyi uralkodását Basta megtörte.

A XVII. század elején gyülekezeti, de egyházmegyei szinten is az egyháztagok, és egyházi intézmények kényszerű meneküléséről beszélhetünk. A Basta korszakban (1602 őszén) a hadvezér vallon zsoldosai mintegy 40 magyarigenit mészároltak le, betaszítva őket Kecskekő várának szakadékába. A környéken azonban mindenhol megleckéztették az érzékelhetően rebellisnek tartott protestánsokat. A reformátusság lelkészeinek (püspökeinek) Szászváros, Déva és Nagyenyed felé való eltávolodása nem csak a fejedelmi főváros, Gyulafehérvár körüli politikai bizonytalanságban gyökerezett, hanem annak a ténynek is következménye volt, hogy 1595-ben a jezsuiták megkezdték gyulafehérvári tevékenységüket. 

A Mihály vajda hajdúi elől menekülő gyulafehérvári jezsuitákat a városba visszatérő Báthory Zsigmond erősítette meg jövedelmeikben, és számukra só szállítását rendelte el. Utána ezer forintot is adományozott az országos dézsma terhére. Basta, és Báthory Zsigmond védelmét élvező jezsuiták a környéken számos protestáns településen, mint például Magyarigenben is, eredményes missziót kezdeményeztek. Báthory Zsigmond valláspolitikájának Jannus bifrons arca miatt, egyre nehezebben tudott intézményesülni a régió protestantizmusának élete. A főleg taktikai meggondolásból, fejedelemségének kezdetén a reformátusoknak adott birtokadományok csak saját uralkodásának politikai stabilitását szerették volna elérni. Szükséges lépés volt ez akkor, amikor a környék és maga Erdély is a vallásváltoztatás lázában égett. A fejedelem a Katolikus Egyház restaurálását munkáló jezsuiták támogatását tűzte ki célul, ehhez a Habsburg zsoldban levő Basta generális hadászati és politikai hátteret szolgáltatott. Így a gyulafehérvári, akkor jezsuita használatban levő Báthory templom és a volt domonkosrendi kolostor, valamint az 1597-ben ideiglenesen visszaállított Római Katolikus Püspökség is jelezte, azt a politikai elhivatottságot, amellyel a fejedelem Erdély új vallási arculatát visszaszorítani kívánta volna. Érzékelve a vallási veszélyeztetettséget, a rendek 1601-ben Náprági Demeter (1556-1619) erdélyi püspököt, 1603-tól kalocsai érseket, kiutasították, ám a Káptalan katolikus lelkészei 1601 augusztusában még Gyulafehérváron tartózkodtak. A református-unitárius vitában izzó erdélyi protestantizmus veszélyeztetettsége, csak a politikai stabilitás megteremtése, és Náprági Demeter püspök kiutasítása után szűnhetett csak meg. Ez a szembenállás azonban izgalmat és vitákat keltett. A hegyaljai protestáns egyházak ingerültségét az válthatta ki leginkább, hogy a Jezsuita Rendház működtetésére a fejedelem az akkor már református magyar Borosbenedek („qui est Hungaricos”) dézsmáját ajánlotta fel. Náprági püspök pedig a szomszédos Borosbocsárd katolikus pap nélküli, már protestánssá lett település tulajdonát kaphatta meg. Az ő hiányában ugyancsak a gyulafehérvári jezsuiták adminisztrálták a püspöki vagyont. Nem véletlen, hogy a Habsburg befolyásnak engedő Erdély Báthory András (1563-1599) személyében katolikus bíborost tudhatott fejedelmének, az ő környezetében a környék protestantizmusa nem jelenhetett meg vezető pozícióban.