XVII. század
Nem véletlen, hogy a jezsuita misszió, előbb Carillo Alfonz jezsuita rendfőnök által Szászfenest látta a reformátusok „pseudo episcopus calvinistarum” székhelyének, majd a később az új jezsuita rendfőnök Argenti már Enyedet vélte annak: „Hoc non latuit calviniarum superintendentem, qui ibi velut in calvinistarum metropoli residet.” A jezsuita misszió intenzitása a református intézményépítés valóságos barométereként működött. Ott, ahol megjelent a református püspök, rögtön aktív jezsuita tevékenységgel számolhatunk. Így, bár a református püspök elmozdítása Gyaluból, Szászfenesről és Alvincről a jezsuita missziótörténet sikereihez tartozott, a kálvinista „metropolis” Enyed esetében ez nem történhetett meg. A fejedelmi főváros – vallásilag is – annak a hatása alatt volt, aki a politikai porondot pillanatnyilag uralta. A protestantizmus szempontjából Hegyalja, és Gyulafehérvár egyértelműen felekezeti önértelmező-önmeghatározó központként működött. Ez motiválta a politikai viszontagságoknak kitett protestáns társadalmat a fejedelmi fővárosban való intézményalapításra.
Társadalmilag változó régióról van szó, amelynek az önálló Fejedelemség periódusában kiváltságos szerepe lesz. Az – előzőleg jobbágysorba és szabadparasztsorba jutott – Hegyalja közben elmagyarosodott társadalmára a Fejedelemség korában lett határozottan szükség azért, hogy a fejedelmi udvartartás és az adminisztráció könnyebben működhessen. A hegyaljai nemesítések hosszú sora Báthory Kristóf fejedelem titkárának, és Báthory Zsigmond konyhamestere, Jó Zsigmond sárdi nemesítésével kezdődött, majd Sárdi Pál deákkal a fejedelmi udvari kancellária jegyzőjével folytatódott. Ugyanígy, példa erre a magyarigeni dalmát származású Kapronczai Márton, gyulafehérvári aludvarbíró esete. Kapronczai Márton a fejedelmi ház aludvarbírájaként kapta Báthory Zsigmondtól magyarigeni házát, 1602. június 15-én. Ezt a tulajdonát 1608-ban az új fejedelmi provizornak járó jussként Báthory Gábor gyarapította számos telekkel és épülettel. A nemesedések társadalmi kihatása a lelkészi állásokra is hatással volt, hiszen a Magyarigenben 1616-tól lelkészkedő Tasnádi Ruber Mihály püspök azért nem kapta meg az őt megillető adójuttatásokat, mert híveinek egy része a kincstártól nemeslevélhez, és így adókedvezményhez jutott. A nemesítések következményeként fellépő adómentesség a püspök - parókus megélhetését veszélyeztette. A megnemesedett hegyaljaiak egyházi kötelezettségeit épp Tasnádi Ruber Mihály indítványa folytán tisztázták; amint az várható volt: a hivatalban levő püspök javára. Ez kétségtelen jel arra, hogy a korábban szabadparaszti sorsban élő hegyaljai magyarok megnemesedési folyamata, a társadalmi helyzetük mellett, egyházi viszonyulásukra is kihatással volt. Beszédes ilyen értelemben a sárdi, magyarigeni és alvinci városi Statutumok megszövegezése is.
Az Egyházmegye feladatai és felelőssége a Collegium Academicum alapításával megtöbbszöröződtek. Gyakorlatilag a Gyulafehérváron székelő püspök körül épült ki az egyházmegyei élet minden apró részlete. A püspöki és esperesi abszolutizmus kora volt ez.
Ahogy a Fejedelemség történetében, a hegyaljai reformátusság újabb megpróbáltatásának ideje is az 1658-ban bekövetkezett török és tatárdúlással kezdődött el. Elekes Károly megemlítette, hogy: „Fejérvári egyházmegyénk szinte minden egyházainak temploma, tornya, harangjai, papi lakja és iskolája elégettetett, rommá tétetett, a nép a kősziklák hasadékiból és erdőkből hozatott elő, leöletett vagy rabszíjra fűzetett, az egyházak fejedelmi dotáltatásokról írott függő pecsétes levelei hamúvá lettek, vagy a féltékeny gondozók által földbe ásva elsenyvedtek.” Alvincet és Borbereket a Maros mentén érkező törökök támadták meg, Marosváradját, Gyulafehérvárt, Magyarigent, Boroskrakkót, Sárdot, Tövist és Borosbocsárdot pedig a Bodzai szoros irányából érkező krími tatárok gyújtották fel. A magyarigeni lelkész Vízkeleti Orbán a tatároktól felgyújtott parókia miatt huzamosabb ideig a csak templom tornyában lakhatott. Hegyalja településeit az, hogy közel voltak a fejedelmi székvároshoz, célponttá tette a török-tatár bosszúhadjárat számára. Magyarigen templomát és parókiáját felgyújtották. Sárdon az egykori Piac utca és Horgas utca számos háza teljesen leégett. A török betörések később is kiemelten veszélyeztették a környéket. Ali pasa Barcsay Ákost meggyilkoló Kemény János elleni büntetőhadjárata Gyulafehérvár után, 1662-ben Magyarigen és környékét támadta meg: „ Ali pasa újra lerombolta Gyulafehérvárt, mégpedig mindazt, ami az első tatároktól megmaradt […] Végül elhajtották azt a sok ezer lelket, akik a Kecskekő nevezetű Gyulafehérvár környéki hegyekbe menekültek.” Az új fejedelem I. Apafy Mihály által elrendelt 1663-ban történt református egyházi vagyon- és kárfelmérésnek épp az volt a célja, hogy a tatárok – törökök (1658, 1662- ben) által okozott kárt megismerje, és a későbbiekben orvosolja. A környék településeinek védelmét is rendszeresíteni próbálták. 1678-ban a gyulafehérvári Országgyűlésen a borbereki, alvinci, fehérvári, borbándi, igeni, sárdi, vajasdi nemességet a kolozsvári kapitányság alá rendelték, amely a környék mezővárosi települései mellett a katonakötelezettségek jellegéről is híradást nyújt.