XVIII. század
1716-ben a Báthory Kristófról elnevezett templom elvétele után 14 évvel, a katolikus püspök Erdélybe − Gyulafehérvárra való berendezkedésével egyidőben a Szent Mihály székesegyház, – református vélemény szerint – a pars maior erdélyi elv semmibevételével, visszakerült katolikus tulajdonba. Steinwille mindenhol kifüggesztett „Novelláival” kárpótlást ígért, de tudatosította, hogy „Őfelsége jobbágyaival nem perel”, ha ellenállnak. A Mártonffy György katolikus püspök által elképzelt restauráció azonban teljesen mást gondolt pars majornak, mint amit a reformátusok. Kéréseit átadta az Erdélyi Udvari Kancellária katolikus tagjainak, akik a püspök és katolikus nemesség elképzeléseit felterjesztették a Ministerialkonferenz 1715. október 6-án tartott ülésére. Bécs kedvezően fogadta az argumentumokat. Ezekben megbízták Steinwille generálist, hogy mint királyi biztos „suavi modo” tárgyaljon a református rendekkel, de ha nem megy a székesegyház visszaszerzése, akkor az uralkodó nevében követelje vissza azokat. Mivel a várépítés ürügyén a református lakosokat a vár alá telepítették, a várban csak a Habsburg katonaság, és a katolikus papság maradt abszolút többségben, tehát ők jelentették katolikus szempontból az új várbeli pars maior-t. Harmadik érvként azt hozták fel, hogy az Alsó városban rekedt reformátusság már ritkán használja a várban levő templomot. 1713-1716 között a megbízhatatlannak tekintett reformátusoknak az Alsó városból a várbeli templomba a hadászati okoknál fogva fontos várépítés miatt sem lehetett menni. A várépítéssel (1714-1738) szorosan haladó protestáns kitelepítés egyik végső akkordja az volt, hogy a Kollégium 1716. március 26-án elvesztette a még tulajdonában levő Bethlen Gábor – I. Apafi Mihály-féle iskolaépületeit is, ahonnan a tanuló ifjúság gyászba öltözve, dobokat pergetve társzekerekre rakodott és a Magyarigen melletti Boroskrakkóba vonult, ahol 3 évig tartózkodott.
A tragédia kettős volt: egyrészt a reformátusságot központi intézményeiben (püspökség, kollégium) gyengítették meg, másrészt a helyi közösség templom nélkül maradt, és leköltöztették a Marosnak arra az árterületére, ahol addig többnyire csak szefárd zsidó kerekedők és Lippából származó román jobbágyparasztok laktak (a jelenlegi Lipoveni negyed). A templom elvesztése annak ellenére történt, hogy a XVII. század végén Bethlen Miklós a Ministerialkonferenz in rebus Transylvanicis-ben az első Diploma Leopoldinum előkészítő munkáiban csak a Báthory templomot ajánlotta átadásra a katolikusoknak. A templomátadások azonban az újra intézményesülni akaró erdélyi katolikus Egyház elengedhetetlen ingatlanjait, és visszaszerzendő vagyoni alapját jelentették. 1716. július 14-én a gyulafehérvári reformátusok a „romlott Ekklésiának szomorúan említendő állapotjáról” emlékeznek, amelyben: „sem Schólánk, de a mi szomorúbb, Isten dicsőségére a gyülekezetnek Temploma nincsen”, így templomhelyet kellett vásárolniuk, mert „ha a dologgal nem sietünk az időből kifogyunk, a tél is reánk jő, és így templom nélkül maradunk.”
A kuruc szabadságharc leverése után, már javában épültek Gyulafehérvár bevehetetlennek hitt falai és azok között többé nem lehetett helye zajos protestáns papi demonstrációnak. A kényszerű kivonulás után elkövetkezett az instanciázás ideje. Szentkereszti András guberniális titkárnak 1720-ban felterjesztett Gravamina Reformatorum Statutum tételesen felsorolta a reformátusok érdekeinek folyamatos sérülését (épületek, javak, adományok elvétele). A templomok közül a Gyulafehérvári Református Egyházmegye területén a borbándi templom elvételét említették, de a tizedek és tizednegyedek megcsonkítása is sok panaszra adott okot: első helyen említették Borberek, Gyulafehérvár, Sárd, Magyarigen és Borbánd borilletményeinek elvételét. 1736-ban még a Ministerialkonferenz elé is felterjesztették a református közösségek panaszait. A Katolikus Egyház a számára kedvező politikai helyzetet kihasználva berendezkedett a lassan kiépülő erődítmény falai közé. Tudomásul véve az új gyulafehérvári hadászati és egyházpolitikai helyzetet, 1744-re a reformátusság központi intézményei Nagyenyedre, a református kisvárosba költöztek. A választás természetes volt, hiszen az Egyház legfőbb tanintézete a Bethlen Kollégium, azaz a Teológia már a XVII. század vége óta itt működött. Gyulafehérvár, mint református központ ügye, már nem jelentett akut problémát a Szebenben tevékenykedő Főkonzisztórium számára. Elégedetlenül, de tudomásul vette, hogy a katolikus restauráció székhelye, és egyben a Habsburg katonai hatalom kiemelten fontos támaszpontja lett az egykori protestáns fejedelmi város. Az újabb gondot inkább a vár alá szorult gyulafehérvári reformátusok nehézkes, és akadályoztatott templomépítése jelentette, amit a Főkonzisztórium eléggé tehetetlenül, inkább sajnálkozva nyugtázott. 1744. június 8-án a Főkonzisztórium szebeni titkára Halmágyi István (†1785) a gyülekezetre, de ezen át az Egyházmegyére is kimondja az új egyházi időket sejtető véleményt, éspedig azt, hogy Gyulafehérvár protestáns története már csak a múlté: „Szívesen fájlalja a supr. Consistorium az Instans hajdan virágzó nagyságos ekklésiának ínségét és sanyargattatását” 1716-1744 között sokat változott a Habsburg integráció szorításában élő erdélyi reformátusság helyzete. Számára Gyulafehérvár, és a Gyulafehérvári Református Egyházmegye már nem jelentett prioritást: a „hajdan virágzó” református várost olyan katolikus katonai-egyházi kontextusban látta, amelyben már lehetetlennek tűnt a református restauráció. Nagyenyed, az új református központ vette át Gyulafehérvár szerepét. A Gyulafehérvár környéki reformátusság az erdélyi ellenreformáció egyik vesztese lett. A helyi reformátusok politikai életre való befolyása beszűkült, egyházi vagyonában pedig leszegényedett. Mária Terézia 1751-ben új adományozás címén egykori birtokaiba (sárdi, igeni, benedeki és borbándi kincstári addigra visszaszerzett birtokrészekbe) visszahelyezte a Római Katolikus Püspökséget és Káptalant, noha a helyi református közösségek ez ellen tiltakoztak.
Itt kell megállapítanunk azt, hogy a református püspöki hivatal gyulafehérvári tartózkodása alatt, az esperesi tisztség viselője (dékán, senior) Kolosvári István püspök 1716-ban történt kiköltözéséig legtöbbször maga a püspök volt. Akkor, amikor 1749-ben Borosnyai Lukács János magyarigeni lelkészi állását tervezgette a Főkonzisztórium, arra figyelmeztette a Gyulafehérvári Református Egyházmegyét, hogy tekintsen el az esperesválasztástól, mert ezt a tisztséget a hagyomány szerint maga a püspök fogja majd viselni. Ha 1716-ig a Ghillányi-hagyatékkal örökölt várbeli püspöki lakás egyben az esperesi hivatalt is jelentette, 1716 után ez már nem volt így. Addig a püspök legtöbbször a fejedelem udvari lelkésze, Gyulafehérvár első papja és az Egyházmegye esperese is volt. Mindez akár fordítottan is igaz. Püspökök sora volt egyben gyulafehérvári esperes is: megemlítjük Ungvári Jánost, Geleji Katona Istvánt, Csulai Györgyöt, Veszprémi Istvánt és Kolosvári Istvántpüspök-espereseket.