A Református Egyházmegye szervezetének kialakulása és működése
A Gyulafehérvári Református Egyházmegye a Katolikus Egyház egykori Fehérvári Főesperességi Kerületének határain belül alakult ki. Első adataink a magyar katolikus Főesperességek létére nézve 1246-ból, IV. Béla korából vannak, amikor felsorolták az akkor létező 13 Főesperességet: a fehérvári, dobokai, hunyadi, kézdi, kolosi, krasznai, küküllői, ózdi, telegdi, tordai, ugocsai, szatmári és szolnoki archidiakonátusokat (főesperességeket). A Fehérvári Római Katolikus Főesperesség területén alakultak ki a reformáció során a Gyulafehérvári és Nagyenyedi Református Egyházmegyék. Erdélyben – a korábbi archidiakonátusok lelkészi közösségeinek (fraternitásainak) hagyományait követve – ezek az egyházmegyék választották meg espereseiket, és ezt a feladatot nem ruházták a püspökre. A gyulafehérvári Főesperesség a reformáció után nem szerepelt ilyen név alatt, de a gyulafehérvári plébánost 1584-ben dékánnak, tehát esperesnek nevezték. A Gyulafehérvári Egyházmegye, mint egyházi adminisztratív szervezet az alvinci Gemmeus Máté esperes-dékán fellépése után alakulhatott meg, aki egyesítette a szászsebesi Szász Dékánátusból kiszakadt és reformátussá lett Alvincet és Borbereket az egykori gyulafehérvári Főesperesi Kerülettel. Az új egyházmegye folyamatosan Gyulafehérvár egyházpolitikai holdudvara körül érlelődött és ennek esperes-vezetőit a politikai fővárosban, vagy annak közelségében kell keresnünk.
Mivel a későbbiekben az esperesi tisztség, a gyulafehérvári elsőpapság és a püspöki tisztség egybeesett, a Gyulafehérvári Református Egyházmegye esetében központosított egyházkormányzásról beszélhetünk. A nagy hitviták kora után a XVI. század közepétől az egyházi élet szervezésében az egyházmegyék szerepe felértékelődött. A Hegyaljai-Gyulafehérvári Egyházmegye kiemelt szerepe például abban nyilvánult meg, hogy 1664. február 16-án I. Apafi Mihály személyesen orvosolta a református egyházmegye lelkészeinek tatárjárás utáni gazdasági panaszait. Ezek a panaszok a jövedelmek elvesztéséről, a katolicizmus megerősödéséről, és a más felekezetű hívek adófizetési kötelezettségének megtagadásáról szóltak.
Apafi korának gyulafehérvári Református Egyházmegyéjéről elmondhatjuk, hogy szervezetében öntudatos, de anyagilag leszegényedetté vált. Az ismételt egyházi kérvényezés az aranykor utáni társadalmilag változó, és mély krízisben levő Erdély társadalmi összképéhez tartozott. 1671. március 10-én a hegyaljai lelkészek újabb kérvénnyel fordultak Apafihoz, amelyben világosan jelezték a református lelkészi kar rendként való megnyilvánulását. Hangot adtak annak az elvárásnak, hogy a Fejedelemség korábbi szakaszában megkapott adókedvezményeket csorbíthatatlanul megtarthassák. Az esztendőnként megejtett esperesi vizitáció két, egyházi életet súlyosbító, körülményt jelzett. Egyik az volt, hogy a világi hatóságok már nem segítettek az Egyháznak az adó, illetve a jövedelembehajtásokkor. A karhatalom (brachium) megtagadta az egyházi célú végrehajtásokat. A másik gond az volt, hogy a társadalmi és etnikai változások miatt, kiszámíthatatlan lett az egyházi adópolitika: „Jelenték azt is Kgt, hogy sok helyeken, hol még reformata ekklésiájok megvoltanak, oláhok, ráczok és egyéb idegen vallású emberek megtelepedvén, azok közül némelyek quartások, némelyek egész dézmások lévén, sőt némelyek a Ház és Fundus után való bért is adnak a prédikátoroknak annak előtte, most az ollyan emberek semmit adni nem akarnak az Isten dicsőségének terjesztésének akadályoztatásával.” A társadalmi mobilitásra, és etnikai változásokra utaló panasz, az erdélyi adórendszer menet közben kialakult hiányosságaira is rámutatott. A beköltözöttek, új telepesek adókötelezettségei (nemesítés, vagy más törvények által meghatározott társadalmi státus miatt) esetenként különböztek a korábbi egyházi adójövedelmek meghagyásaitól. Az egyház a korábbi fejedelmi adományok (donatiók) előírásait követte, míg a beköltözöttek társadalmi státusukat hangoztatták (például az etnikait). Ellentét feszült tehát, a korábban egyházi telkeken lakó etnikai-vallási adózandó alany eltűnése és más, a reformátustól eltérő vallású adóalany megjelenése között, amely a nemzeti ébredés korában sok vitát eredményezett, és nem véletlenül a társadalmi forrongások korában épp a reformátusokon állt bosszút.