A Református Egyházmegye szervezetének kialakulása és működése
Az egyházmegyei testületnek szoros kapcsolata volt a gyulafehérvári, a gyulafehérvár-sárospataki majd a nagyenyedi Református Kollégiumokkal, a protestáns kollégiumok közelsége miatt is. Betöltetlen lelkészi állásait Gyulafehérvár és Nagyenyed teológiai tanintézeteinek közelsége miatt, könnyebben, esetenként direkt meghívással tölthette be. A Sárospatak – Gyulafehérvári Kollégium jelenléte alatt ez a főiskola biztosította az új lelkipásztori állásokat az Egyházmegyében, és nóvumként bevezette a később általánossá lett ünnepi legációt.
Az esperes megválasztása után a püspököt arra hatalmazták fel, hogy erősítse meg azt a személyt, akit az egyházmegye megválasztott tagjai közül. A későbbiekben pedig maga a püspök nevezett meg két esperes jelöltet. A megválasztott esperes, rangban őt követő főjegyző és a lelkész - esküdtek csak az esküszöveg elmondása után foglalhatták el hivatalukat. Az esperesek hivatala élethossziglan tartott, őket a parciális (kis, vagy helyi) zsinat, azaz az egyházmegyei lelkészi kar közgyűlése választott meg. A Gyulafehérvári Egyházmegyében élő püspök a reformáció óta tartó hagyománynak megfelelően az Egyházmegye esperese is lett. Ez a hagyomány csak a református püspök Gyulafehérvárról való, 1716-ban történt kényszerű távozásával szűnt meg.
Az egyházmegye legfőbb kormányzati szervében a parciális zsinaton fejtette ki tevékenységét. A parciális zsinat rendjéről, idejéről és tartalmáról a Geleji kánonok 84-ik fejezete ad utasításokat (tavasszal, a Generális Szinódus előtt, és ősszel tartották üléseit). A XVIII. században az egyházmegye üléseit évenként háromszor is tarthatta (lehetett extraordinárius, vagy rendkívüli parciális is), ahol prédikáció vezette be a számbavételt, és ezt követte a tulajdonképpeni tárgyalás. Ugyancsak a parciális zsinat vizsgálta meg előzetesen a lelkészszentelésre felterjesztett jelölteket, valamint intézkedett a gyülekezetek adminisztratív beosztásáról (anyaegyház, leányegyház, társegyház). A parciális zsinat fegyelmi fórumként, de leginkább házassági törvényszékként működött. Nem tévedünk, ha megállapítjuk, hogy a lelkészi gyűlések többnyire egyházi bíróságként tevékenykedtek. A XVIII. században az erdélyi Gubernium, liturgikai, többnyire politikai döntéseit-elvárásait továbbította a Főkonzisztórium jóváhagyásával a gyülekezetek fele. Ilyen volt például az aposztázia törvények értelmében megváltoztatott református esketési rend. A gyűlésen tárgyalt közokirat jellegű ügyeket, protokollumba - jegyzőkönyvbe foglalták, amelyeket az egyházmegyei levéltárban helyeztek el. A protokollumok főleg a házasságjogi pereket-döntéseket és fegyelmi ügyeket tartalmazták, és ritkán terjedtek ki az egyházmegyei élet részletkérdéseire is. A végleges döntéseket felterjesztették a Generális Zsinathoz jóváhagyás végett.
Itt olvasták fel a reformátusok bécsi képviselete számára meghirdetett gyűjtést, számolták ki az utazási költségeket (viaticum) és tették közhírré a püspöki körleveleket. Ha házassági perekben vagy adminisztratív gondokban tisztázásra volt szükség, a Főkonzisztórium kérést intézett az egyházmegyéhez.
A kormányzás legfőbb feladata mindenképp az esperesé volt. Az esperesi munkakör kiemelkedő tevékenysége az egyházmegyei gyűléstartás volt. Ő vett részt az egyházi gyűléseken (zsinati, vizitációs), ő intette szóban az arra rászolgálókat, ő felelt az egyházmegye vagyonáról, levelezett, és ő foglalta írásba egyházmegyéjének döntéseit. Ugyanakkor az esperes tiszte volt a vizitáció, a lelki élet ellenőrzése, és a püspöki rendeletek érvényre juttatása volt. A vizitációt a XVI. század óta esztendőnként tartották, amelynek kapcsán a ki nem fizetett egyházi adósságokat is be lehetett gyűjteni a világi hatóság (brachium) segítségével. Az egyházmegyei főjegyző tisztsége (notarius) a XVII. században jelent meg. A tisztséget hivatalosan az 1728-ban tartott nagyenyedi zsinaton határozást meg. Ott döntötték el, hogy az esperes halála után a főjegyző követi az egyházmegyei (traktuális) seniorságot. Feladata volt a fegyelmezés, a házassági bíráskodás, és a vagyoni ügyek intézése. Ugyancsak ő végezte az elengedhetetlen jegyzőkönyvek pontos-lelkiismeretes vezetését, ahogy ezt Bod Péter főjegyzősége, és egyházmegyei jegyzősége is példázta. Az esperesi szék tagjai között találjuk a jegyzőt és az esküdteket (assesorokat, egyházmegyei lelkészeket). Az assesorok az esperes és főjegyző irányítása alatt főleg döntési, bíráskodási és gyakorlati kérdésekben működtek közre. Az esperest leginkább segítő assesor, lelkész a prosenior, azaz az espereshelyettes volt.
1709 áprilisában a gyulafehérvári kuruc jelenlét miatt, Nagyszebenbe menekült Főkonzisztórium kialakította a „politico - ecclesiaticum consistorium” központi egyházi autonóm vezetőtestületének kuratóriumokra épülő rendszerét. Ezt követően az új egyházkormányzati formát az egyházmegyékre is kötelezővé tette (subcuratores seu particulares inspectores). A Habsburg-központosítás árnyékában az egyházmegyei képviselők, küldöttek segítségével működő főkonzisztóriumi intézményt hatásosabbnak látták. A kurátorok képviseleti alapon foglalkoztak más egyházmegyék ügyeivel is. Így a gyulafehérvári Esperesség világi kuratórai a hunyadi, szászvárosi, hátszegi és dévai egyházakra, és iskolákra is gondot viseltek. A világi gondnok, „traktuális kurátor” tisztét és feladatkörét 1713-ban határozták meg. Az egyházmegyei életben azonban még nincs jelen következetesen a világi elem, bár közvetve a patrónusi jogra vonatkozó határozott utasításokat találunk.